わたしたちの体にはさまざまな免疫機能がそなわっており、外から侵入した異物から体を守っています。白血球は、この免疫機能の主役を担い、空気中の細菌やウイルスからわたしたちの体を守ってくれているのです。
白血球は異物が侵入すると、これを認識し、すばやく攻撃しようとします。自身の中に取り込んで消化したり、抗体（異物をキャッチするもの）を作り、体の外に排除しようとするのです。その戦いの際に炎症が起こります。炎症が起こるということは、単に体に良くないというわけではなく、これら免疫機能のあかしでもあるのです。
潰瘍性大腸炎は、免疫機能に異常があり、自らを異物とみなし、攻撃をしかけてしまう、または過剰な炎症反応が起きるために炎症が生じてしまうのではないかと考えられています。白血球が活性化し、異常に反応したり、大腸の粘膜を異物と認識し、これを攻撃しようとしてしまうのです。活性酸素やたんぱく分解酵素などの炎症に関わるさまざまな物質がつくられ、大腸の粘膜が傷を受けるために、炎症が起こります。そのうえ、さらに白血球からサイトカインという物質が放出され、炎症がひどくなったり、長引いたりして、そう簡単に治まらない状態になっています。